|
- Monocle2安装及orderCells ()函数报错问题解决_error: ! the . . .
ℹ Please use the `mode` argument instead Run `rlang::last_trace ()` to see where the error occurred 二、报错解决 1、 重启R会话 (关闭 RStudio 再重新打开) 2、 # 卸载当前版本igraph remove packages("igraph") # 从CRAN安装Windows兼容的 2 0 3 版本
- 做拟时序的你，苦igraph已久了吧-腾讯云开发者社区-腾讯云
本文介绍解决igraph更新致monocle报错问题方法，包括装旧版igraph（分Windows和Mac）、用已编译包、改写monocle源码，详细步骤及适用系统等均有说明。
- The `neimode` argument of `dfs ()` was deprecated in igraph 1. 3. 0 and . . .
Did anyone get this error when trying to run order_cells? Looks like the error is due to this code: mst_traversal <- graph dfs(dp_mst, root=root_cell, neimode = "all", unreachable=FALSE, father=TRUE) And it seems easily fixable if we just change neimode to mode
- monocle2 orderCells () 函数报错 - 知乎
原文链接： monocle 2 24 1 orderCells () 函数报错问题 改完之后 只有正常的warning啦 这些警告提示表明在使用旧版参数时，使用了 graph dfs () 函数。 这些参数已经被废弃，应该使用新的参数名 mode。 如果想解决这个问题，需要修改代码，将 neimode 参数替换为
- 如何快速解决单细胞拟时序分析旧版本Monocle包导致的 . . .
Error: ! nei() was deprecated in igraph 2 1 0 and is now defunct i Please use nei() instead Run rlang::last_trace() to see where the error occurred 2 经过多轮的chatgpt问答，最终得到一个简单的解决方法，避免各位科研党再次花时间跟chatgpt对话了，按我的步骤轻松搞定，解决方案如下：
- monocle分析中 cds lt;- orderCells (cds)报错，如下 - 哔哩哔哩
In dfs (graph = graph, root = root, mode = mode, unreachable = unreachable, : Argument neimode' is deprecated; use mode' instead 在R中运行此代码 trace ('projec2MST',edit = T,where = asNamespace ("monocle")) 在跳出的界面中 把 if (ekass (projection)!="matrix") projection<- as matrix (projection)删除 然后保存即可
- igraph更新，让monocle出bug啦
翻了一下cran，发现igraph的更新日期是10 19，一周以前。 而且cran还要求他们再11月4号之前更正某个错误，否则就会被移除了。 他们的更新只是把nei函数的名字改成了 nei。 不太理解有什么意义，当然理解也没有用，咱说了也不算。
- 解决monocle中orderCells报错的一波三折
然而在服务器上运行同样的代码，其实也出现了同样的提示，但不是Error是warning，然后代码仍然可以继续运行下去，截图如下：
|
|
|