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- 基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA） - 知乎
GSEA（Gene Set Enrichment Analysis），该方法发表于2005年的Gene set enrichment analysis: a knowledge-based approach forinterpreting genome-wide expression profiles，是一种基于基因集的富集分析方法，在对基因表达数据分析时，首先确定分析的目的，即选择MSigDB中的一个或多个功能基因集
- 如何使用正确的基因集合进行 GSEA 分析？ - 知乎
要进行 GSEA 分析，您需要准备几部分的数据：1）预定义的基因集；2）所有样本的所有基因表达矩阵；3）样品的分组信息。 预定义的基因集就像 KEGG 中某条 pathway 中对应哪些基因一样，GSEA 基因集也是对基因的注释。
- GSEA如何分析，生物上的大神帮帮忙? - 知乎
GSEA分析可视化 除了上方介绍的经典的GSEA结果展示图以外，GSEA和GO、KEGG一样，都有很多让人眼花缭乱的可视化方法，让我们来看一看把。 好了，今天的分享就到这结束啦，换上自己的数据趁热赶紧试一下吧！ 发表文章时千万别忘记引用R包文献哦。
- GSEA 分析可以用来研究哪些生物学问题？ - 知乎
GSEA（Gene Set Enrichment Analysis）分析是一种常用的基因集富集分析方法，它能够帮助生物学家探索差异表达基因在某些生物过程或通路中的富集情况，从而为深入研究生物学问题提供重要线索。 GSEA分析原理 GSEA分析基于基因集富集的思想，它通过将所有基因根据表达量大小排序，并计算每个基因集（如
- 如何解读 gsea 分析结果？ - 知乎
GSEA分析是基于已经完成差异分析结果，且纳入所有基因。 目前R做GSEA用的比较多的是clusterProfiler和fgsea包，所以这两种包的分析方式我们都包含进去了。
- GSEA结果对p值和FDR要求？ - 知乎
在对表达谱结果进行GSEA分析时，我看文献大多列出的是ES、p值和FDR。 那么，对于GSEA分析的结果，要求p值和FDR均小于0 05才能发表文章么？
- 新版本GSVA中使用ssgsea最新代码是啥啊？ - 知乎
bulk RNA-seq | 下游分析 | 基因集富集分析 GSEA- clusterProfiler 下面接着记录GSVA与ssGSEA方法。 这一部分之前也写过： ssGSEA与GSVA使用方法，主体内容还是那些，一个更新原因是不知道为什么，GSVA包（支持GSVA、ssGSEA、zscore与plage等多种方法）的作者更新了函数！ ！ 1、ssGSEA
- 如何理解基因富集分析以及富集的意思？ - 知乎
FDR GSEA 默认提供所有的分析结果，并且设定 FDR<0 25 为可信的富集，最可能获得有功能研究价值的结果。 但如果样品数目少，而且选择了 gene_set 作为 Permumation type 则需要使用更为严格的标准，比如 FDR<0 05。 Leading-edge分析
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